Šiuo metu vaistinių augalų rūšių kiekis sparčiai mažėja. Tai įtakoja nusausinamos pievos ir durpynai, kertami krūmynai ir miškai. Kaip kurie vaistiniai augalai yra piktžolės, todėl naikinamos ūkininkų. Nemažai vaistinių augalų sunyksta netinkamai juos renkant ir neracionaliai eksploatuojant jų augimo plotus. Vaistiniai augalai yra nuolat atsinaujinantys gamtos ištekliai, tinkamai juos naudojant, jų netūrėtų pritrūkti.

Renkant vaistinius augalus, reikia laikytis rinkimo taisyklių. Jei reikalinga tik augalo antžeminė dalis, negalima jo rauti su šaknimis (tai galioja daugiamečiams augalams). Reikia rinkti tik tas augalo dalis, kurios reikalingos vaistinei žaliavai.

Medžių ir krūmų pumpurus, lapus leidžiama skinti tik 1/3 lajos dalyje. Žievę draudžiama lupti nuo augančių medžių ir krūmų, taip pat draudžiama kasti jų šaknis.

Kasant šaknis galima iškasti iki 1/3 tame plote augančių augalų. Nuopjovos sumetamos į duobutes. Ruošiant daugiamečius augalus privaloma palikti ne mažiau kaip pusę nepažeistų augalų.

Natūraliose augimvietėse draudžiama rinkti saugotinų augalų rūšis.